反滲透系統日常的運行記錄是判斷系統是否出現污染及污染后采取合理的清洗方法的主要依據。反滲透進水中的膠體包括淤泥、無機膠體、膠體硅及部分有機物等。反滲透膜系統中如果受到污染，一般都是出現在第一段，當產水量逐漸下降，壓差變大，產水電導輕微上升時，我們可以判斷，這是無機膠體污染導致的。如果不及時進行反滲透膜清洗工作，使其放任不管，將會導致結垢越來越嚴重，甚至出現整個膜系統癱瘓。

而且我們應該要清楚的認識到：膜元件必須在產生大量污垢前進行清洗，如果清洗工作延誤太晚，那么將很難從膜表面上徹底清除污垢并重新恢復膜性能至初始的狀態。我們要如何確定反滲透膜清洗的最恰當時間呢？當進水和濃水之間的標準化壓差上升了15%，或標準化的產水量降低了10%，或標準化的鹽透率增加了5%，這時就該進行膜清洗了。

對于無機膠體的污染，我們可以使用適合RO反滲透膜的清洗劑，如堿性的冠潔GJ-反滲透膜無機膠體清洗劑來清洗粘附在反滲透膜面上的無機膠體垢。清洗時投加比例應在10%左右，PH值為10-12之間，不能高于12，這樣就能放心的進行4-6小時的循環清洗了，當然也可以采用浸泡的方式清洗。在清洗時因為清洗劑與垢質發生化學反應，所以PH值也會發生變化，我們就需要實時的監測PH值，使其始終維持在10-12之間。

需要注意的是，在進行反滲透膜無機膠體清洗前，應先清洗微生物粘泥垢的污染，然后進行碳酸鹽等無機鹽晶體的硬垢清洗。